微生物有機肥料是在微生物肥料基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種高效、無毒、無污染、無公害的新型肥料。目前，隨著微生物學(xué)、肥料學(xué)研究工作不斷深入，人們已經(jīng)把微生物、肥料和環(huán)境作為一個整體來研究，形成了由單一菌種向復(fù)合菌種發(fā)展、由單純生物菌劑向復(fù)合生物肥發(fā)展，由單一劑型向多元劑型發(fā)展、由小型粗放的微生物有機肥料產(chǎn)業(yè)向綜合型集約型的產(chǎn)業(yè)化方向發(fā)展的多種生產(chǎn)模式。

生物有機肥料是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥做成的肥料。它既不是傳統(tǒng)的有機肥，也不是單純的菌肥，是二者的有機結(jié)合體，它是以自然中的有機物為基質(zhì)和載體，加入適量的無機元素，還含有具有特定功能的微生物，這是此類產(chǎn)品的本質(zhì)特征，其有機質(zhì)載體大多為作物秸稈、草炭、禽畜糞、生活垃圾等有機廢棄物。

所含微生物應(yīng)表現(xiàn)出一定的肥料效應(yīng)，如具有增進土壤肥力、制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)、活化土壤中難溶的化合物供作物吸收利用等作用，或可產(chǎn)生多種活性物質(zhì)和抗、抑病物質(zhì)，對農(nóng)作物的生長有良好的刺激與調(diào)控作用，可減少或降低作物病蟲害的發(fā)生，以及改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)。目前，我國從管理上將生物有機肥納入微生物肥料范疇，實施比有機肥更為嚴格的管理措施，以促進生物有機肥的健康發(fā)展。